상가를 포함한 일반 부동산(비주택)의 장기보유특별공제는 보유 기간 3년 이상부터 적용해요. 보유 기간 1년당 2%씩 공제되며, 최대 30%(15년 이상)까지 공제받을 수 있어요.
다만 비사업용 토지는 장기보유특별공제가 적용되지 않아요. 비사업용 토지는 기본세율에 10%를 추가 적용한 중과세율이 적용되므로 세 부담이 상당히 커요.
참고로 상가 건물과 토지를 함께 양도할 때 건물분과 토지분을 구분해 각각 장기보유특별공제 적용 여부를 확인해야 해요. 건물분은 공제 적용, 토지분은 사업용 여부에 따라 달라져요.