권리금은 영업권 양도에 해당하므로 원칙적으로 부가가치세 과세 대상이에요. 부가가치세법 제4조에 따라 사업자가 재화나 용역을 공급하면 부가세 과세 의무가 생겨요. 양도인이 일반과세 사업자라면 권리금에 10%의 부가세를 추가로 받아야 해요. 예를 들어 권리금이 5,000만 원이면 부가세 500만 원을 더해 총 5,500만 원을 받아요.
다만 포괄양수도 요건을 충족하면 부가가치세가 면제돼요. 부가가치세법 제10조 제9항에 따라 사업 전체를 포괄적으로 양도하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 않아 부가세 과세 대상에서 제외돼요. 이 경우 권리금을 포함한 사업 전체 양도 금액에 부가세가 붙지 않아요.
참고로 면세사업자(의사, 학원, 부동산 임대 등 면세 업종)가 권리금을 양도하는 경우에는 부가세 납세 의무가 없어요. 면세사업자는 애초에 부가세 과세 사업자가 아니기 때문이에요. 자신의 사업자 유형이 과세인지 면세인지 확인한 후 권리금 부가세 처리 방법을 결정해야 해요.